Touto metodou, která se nazývá „vegetativní funkční test“, je možné zjistit toxické zatížení jednotlivých orgánů. Měříme na kolik % jsou orgány zatížené, čím jsou zatížené – tedy jaký druh viru, bakterie či toxické látky se v nich nachází. Můžeme též změřit vhodnost či nevhodnost vybraných potravin pro daného pacienta a také měříme účinnost vybraných preparátů. Protože metoda MUDr. Jonáše se nazývá „kontrolovaná a řízená detoxikace“, je jasné, že po využívání preparátů by měl pacient přijít na přeměření. Všechny údaje jsou systematicky zaznamenávány a při každém dalším měření je tedy možnost porovnat, jak dalece se podařilo odstranit jednotlivá infekční ložiska, volné infekce či toxické látky, vyladit psychiku a zharmonizovat energie.